哈医大二院麻醉学系目前的医疗设置为临床麻醉、麻醉后恢复室(PACU)、ICU、疼痛诊疗以及省高校麻醉重点实验室等四个部分,包含哈医大四个附属医院的麻醉学科。各部分除麻醉后恢复室外,均实行了三级医师负责制。在医疗分组中,根据各级医师级别进行分工,以开展有方向性临床研究工作为特征,改变了以往的工作方式,设立了总巡回医师制度,使安全医疗得到了进一步的保障。